二代测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比。例如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。
Q20值是指的测序过程碱基识别（Base Calling）过程中，对所识别的碱基给出的错误概率。
质量值是Q20，则错误识别的概率是1%，即错误率1%，或者正确率是99%；
质量值是Q30，则错误识别的概率是0.1%，即错误率0.1%，或者正确率是99.9%；
质量值是Q40，则错误识别的概率是0.01%，即错误率0.01%，或者正确率是99.99%；
首先，碱基质量值是衡量测序质量的重要指标，质量值（Q）越高代表碱基被测错的概率（P）越小，其计算公式为Q=-10lgP。例如，Q20和Q30分别代表碱基被测错的概率为1%和1‰。Illumina官方一般以Q30作为评价标准，以目前最常用的HiSeq 2000平台2×100PE测序为例，Illumina官方保证大于80%碱基准确度达Q30，而千年基因在合同中严格保证大于85%碱基准确度达Q30。
总结：
测序时每个碱基都会有质量值，如碱基质量值为20则表示该碱基的错误率为，10^（20/(-10)）=0.01=1%（根据Q=-10lgP计算）
行业中，为了评估下机reads测序的准确度，我们会评估Q20或Q30（及所有碱基质量值大于20或30所占的比例），一般合同中要严格保证Q30至少达到85%。
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